Ang mga biyolohikal na eksperimento na isinagawa sa mga space crafts tulad ng mga istasyon ng kalawakan, mga space shuttle, at mga nare-recover na satellite ay nagpagana ng malawak na pagsisiyasat sa buhay ng spaceflight (SLI).
Sa partikular, ang mga SLI ay nagsiwalat ng mga natatanging epekto sa espasyo sa paglaki ng microbial, kaligtasan ng buhay, paggawa ng metabolite, pagbuo ng biofilm, pagbuo ng virulence at mga mutation na lumalaban sa droga. Nagbibigay ang mga ito ng mga natatanging pananaw sa microbiology na nakabatay sa lupa at mga bagong pagkakataon para sa mga produktong pang-industriya na parmasyutiko at metabolite.
Ang mga SLI ay may mga espesyal na pang-eksperimentong setup, pamamaraan ng pagsusuri at resulta ng pananaliksik, na maaaring ma-access ng mga itinatag na database ng National Aeronautics and Space Administration (NASA) Life Science Data Archive, Erasmus Experiment Archive, at NASA GeneLab. Ang pagtaas ng pananaliksik sa iba’t ibang larangan ay maaaring mas mapadali ng mga database ng maginhawang mga pasilidad sa paghahanap at nakategorya na presentasyon ng mga komprehensibong nilalaman.
Temporal na paghahambing ng mga profile ng AMR-gene (binago mula sa isang figure sa Urbaniak et al., 2018). (A) Hierarchical clustering ng AMR-genes. Ang mga pulang halaga ay mga AU (Tinatayang Walang pinapanigan) na mga p-value, at ang mga berdeng halaga ay mga halaga ng posibilidad ng Bootstrap. Ang mga cluster na may AU p-values na mas malaki sa 90% ay na-highlight ng mga parihaba, ibig sabihin, mayroong 90% na katiyakan na ang mga cluster na ito ay isang natatanging grupo. Ang F “x” ay tumutukoy sa numero ng flight, na sinusundan ng lokasyon. (B) Ang heatmap ng nakasentro na log ratio ay nagbago ng data ng expression ng gene. Ang mga malalim na asul na kahon ay kumakatawan sa mga sample na may mas mataas na expression ng gene kaysa sa geometric na mean expression (light blue), na kinakalkula mula sa lahat ng mga sample, na nakalkula mula sa lahat ng mga sample.
Samakatuwid, binuo namin ang Space Life Investigation Database (SpaceLID) http://bidd.group/spacelid/, na nangongolekta ng mga SLI mula sa nai-publish na mga akademikong papel. Sa kasalukuyan, ang database na ito ay nagbibigay ng mga detalyadong pasilidad sa paghahanap ng menu at nakategorya na mga nilalaman tungkol sa mga pinag-aralan na phenomena, materyales, eksperimentong pamamaraan, pamamaraan ng pagsusuri, at resulta ng pananaliksik ng 448 SLI ng 90 species (microbial, halaman, hayop, tao), 81 pagkain at 106 na gamot, kabilang ang 232 SLI na hindi sakop ng mga naitatag na database.
Ang mga potensyal na aplikasyon ng SpaceLID ay inilalarawan ng mga halimbawa ng nai-publish na eksperimentong disenyo at bioinformatic analysis ng spaceflight microbial phenomena.
Ilustrasyon ng pamamaraan ng gene set enrichment analysis (GSEA). (A) Isang dataset ng expression ng gene na pinagsunod-sunod ayon sa ugnayan sa phenotype, ang kaukulang heatmap, at ang “mga tag ng gene,” ibig sabihin, lokasyon ng mga gene mula sa isang set S sa loob ng pinagsunod-sunod na listahan. (B) Plot ng tumatakbong kabuuan para sa S sa set ng data, kasama ang lokasyon ng pinakamataas na marka ng pagpapayaman (ES) at ang nangungunang-gilid na subset. Ang mga numero ay iginuhit gamit ang data mula sa GSE35958, ginamit lamang upang ipakita ang prinsipyo ng pamamaraan ng GSEA.
Junyong Wang, Tao Wang; Tao Wang, Xian ZengXian Zeng, Shanshan WangShanshan Wang, Zijie YuZijie Yu, Yiqi WeiYiqi Wei, Mengna CaiMengna Cai, Xin-Yi Chu, Yu Zong Chen, Yufen Zhao,
Database ng mga pagsisiyasat sa buhay sa kalawakan at bioinformatics ng microbiology sa matinding kapaligiranMga Hangganan sa Microbiology
Astrobiology